Bachelor- en Mastersymposium

100-jarig bestaan Nederlandse Vereniging voor Microbiologie

10 november 2011, Academiegebouw Utrecht

 

Op donderdag 10 november 2011 is door de NVvM en NVMM, ter gelegenheid van het 100 jarig bestaan van de NVvM, een gratis symposium georganiseerd speciaal van en voor microbiologie-studenten in het Academie gebouw te Utrecht. Zowel master- als bachelorstudenten, HLO en universitair, werden hiervoor van harte uitgenodigd.

Door middel van voordrachten en postersessies konden studenten een goed en gevarieerd beeld geven van de verschillende microbiologische onderzoeksmogelijkheden in Nederland en daarbuiten. Er werden tevens vruchtbare ideeën uitgewisseld en nuttige contacten gelegd.

De belangrijkste doelstellingen van het symposium op een rij:

• Microbiologiestudenten de mogelijkheid geven hun onderzoek te presenteren en daarmee ervaring op te doen (mondeling of via een poster) op een nationaal platform.
• Studenten en docenten laten kennismaken met de wetenschappelijke praktijk, cultuur en sfeer van een symposium/congres: uitwisseling van ideeën en mogelijkheden op diagnostisch of onderzoeksgebied, de nieuwste ontwikkelingen en trends, contacten leggen en netwerken.
• Studenten en docenten een beter beeld geven van de mogelijkheden voor stage en werk die de verschillende instituten, instellingen en bedrijven in Nederland (en eventueel daarbuiten) te bieden hebben.
• Onderwijsinstellingen, instituten en bedrijven de gelegenheid geven hun microbiologische (onderzoeks)programma’s en/of producten te presenteren.

Programma

09.30 – 10.00u           Aankomst, koffie en posters ophangen  

10.00 – 10.05u           Welkom en korte introductie

10.05 – 11.05u           Sessie 1: presentaties 1 t/m 4

11.05 – 11.30u           Koffie en postersessie

11.30 – 12.30u           Sessie 2: presentaties 5 t/m 8

12.30 – 13.30u           Lunch en postersessie

13.30 – 14.30u            Sessie 3: presentaties 9 t/m 12

14.30 – 15.00u           Afsluiting

15.00 – 16.30u           Drankjes en uitreiking prijs voor de beste presentatie

Presentaties

Sessie 1: 10.05 – 11.05u 

1. M.E. Boers, VU Amsterdam: Het effect van meervoudige interventies op het voorkomen van infectie en verspreiding van Bijzonder Resistente Micro-organismen (BRMO) op een Intensive Care Unit.
2. C. Gazenbeek, HLO Leiden: Wat is de relatie tussen ‘natte’ koeltorens en Legionella-pneumonieën in Nederland?
3. J.N.B. Bergland, HLO en UU Utrecht: Vergelijkend onderzoek met behulp van zes differentiatie methoden voor identificatie van coagulase-negatieve staphylococcen.
4. N. Berkeveld, HLO Rotterdam: KPC en VIM: de dreiging van super-bugs

Sessie 2: 11.30 – 12.30u

5. I. Rabbers, VU Amsterdam: Seriële propagatie in emulsie om de ‘yield/rate-trade off’ van microbiële groei te onderzoeken
6. L. Pool, HLO Leiden: Evaluatie van topicale behandelingen in een in vitro Brandwondenmodel geïnfecteerd met Pseudomonas aeruginosa
7.  N. Nouse, UvA Amsterdam: Identificatie van moleculaire mechanismen in ontkiemende Bacillus subtilis sporen onder milde stresscondities
8. P. (Paul) Kwakman, winnaar van de AMC Outreach Award 2010, zal een presentatie geven over zijn promotieonderzoek naar de antimicrobiële werking van honing, als voorbeeld van een onderzoek dat sterk aanspreekt bij publiek en studenten

Sessie 3: 13.30 – 14.30u

9. M. J.M. Habraken,. Fontys HLO Eindhoven: Verbeterde Staphylococcus aureus detectie van volbloed door middel van toevoeging van RNA als template in een tuf gen gebaseerde real-time PCR
11. D. Aerts, RUU Utrecht: Hoe paddestoelvormende schimmels het licht zien
11. R. Pouw, AMC Amsterdam: RNA-thermometers in Neisseria meningitidis; het bgaB reporter systeem is niet optimaal in de screening voor RNA-thermometers in vitro
12. E. Hendriks, RuG Groningen: Een op microfluidics gebaseerde studie van het replicatie-initiatie eiwit DnaA in Streptococcus pneumoniae

 

Welkomstwoord

Inleiding door prof. dr. Han Wösten, hoogleraar moleculaire microbiologie aan de Universiteit van Utrecht en voorzitter van de Koninklijke Nederlandse Vereniging voor Microbiologie

In 1674 keek Antonie van Leeuwenhoek door een van zijn zelfgemaakte microscopen naar een druppel water en ontdekte de nieuwe wereld van de micro-organismen. Dit was het begin van de microbiologie in Nederland, zelfs in de hele wereld. Antonie van Leeuwenhoek uit Delft startte een lange traditie van microbiologie in Nederland. Kluyver, Beijerinck, de Nobelprijswinnaar Eijkman en de eerste vrouwelijke hoogleraar Westerdijk waren microbiologen.

Terwijl ik aan het nadenken was hoe de rijke historie van de microbiologie in Nederland te verwoorden moest ik denken aan 1990 toen ik met een Interrail op vakantie was in Griekenland. De mensen bemerkten dat ik Nederlander was en begonnen mij te vertellen over het rijke verleden van Griekenland. Zij waren duidelijk trots en ontleenden hun identiteit aan hun verleden. Ik vroeg aan de mensen. Maar het gaat toch niet om het verleden maar om het nu en om de toekomst. Waar staat Griekenland nu ? De treincoupe werd stil en een man glimlachte naar mij en zei; je hebt zo gelijk. We kijken alleen maar achterom en kunnen daarom niet onze toekomst zien die voor ons Iigt.

Het rijke verleden van de microbiologie in Nederland is mooi maar het gaat om het nu en het gaat over de toekomst. Microbiologie in Nederland is op dit moment absolute top. Het is een van de drie richtingen in de biologie waar Nederland internationaal absoluut voorop loopt. En waar staan we in de toekomst ? Dat bepalen jullie en daarom is het zo goed dat de sectie onderwijs van de KNVM dit symposium heeft georganiseerd. Laten we hopen dat het een Iange traditie wordt en dat het bij zal dragen om de nieuwe lichting microbiologen op te Ieiden.

Dit symposium is een nieuw initiatief van een historische vereniging op een historische plaats. In deze stad verbleven Eijkrnan en Westerdijk. De microscoop van Leeuwenhoek met de sterkste vergroting (266 keer) Iigt hier een paar honderd meter vandaan in de universiteitsmuseum. In deze zaal werd in 1579 middels de Unie van Utrecht de grondslag gelegd voor het Nederland van nu. Laten we genieten van de historie maar bovenal van de presentaties van vandaag.

 

Terugblik op het BAMA-symposium 

Dr. Loek van Alphen, voorzitter van de sectie Onderwijs van de KNVM

Op de 100ste verjaardag van de oprichtingsvergadering van de Nederlandse Vereniging voor Microbiologie op 10 november 1911 is een Bachelor en Master (BAMA) symposium georganiseerd in de Aula van de Universiteit van Utrecht. Bachelor en Master studenten konden voor het eerst hun onderzoek presenteren binnen de KNVM aan medestudenten en docenten van universtaire en HLO opleidingen uit heel Nederland. De presentaties door de studenten over onderzoeksresultaten uit de hele microbiologie waren van uitstekende kwaliteit, voor een breed publiek begrijpelijk gebracht en gaven aanleiding voor veel discussie met de zaal. De prijs voor de beste presentatie ging naar David Aerts uit Utrecht voor zijn aansprekende voordracht: "Hoe paddestoelvormende schimmels het licht zien". Wegens het grote succes van het symposium zal dit jaarlijks worden herhaald.

 

Abstracts

1.         Het effect van meervoudige interventies op het voorkomen van infectie en verspreiding van Bijzonder Resistente Micro-organismen (BRMO) op een Intensive Care Unit.

    Mariëlle Boers, Marcel Adriaanse, Alida Bremer-Schuurman, Eveline Roelofsen

Msc Health Sciences

e.mail: me.boers@yahoo.co.uk

In twee representatieve secondaire ziekenhuizen is een case-control studie uitgevoerd, om de effecten van een zes maanden durend meervoudig interventieprogramma op de preventie van infecties met en verspreiding van BRMO te bepalen.

De interventie bestond uit: Een informatiebijeenkomst, twee kennistesten, een BRMO-barometer, een educatieve poster en quizzes en video-observatie. Het verschil in kans om een BRMO te verwerven was significant tijdens de baseline-meting in 2010 (p= 0.025, OR 0.087, 95% CI: 0.010-0.737) en verbeterde na interventie in 2011 (p=0.012, OR 0.174, 95% CI 0.045-0.681).

Het kennisniveau van het IC-personeel aangaande BRMO’s is door de interventies toegenomen met 7,2%, deze toename was niet significant (p= 0,609 OR: 1.467, 95% CI: 0,337 – 6,376.)

Het meervoudig interventieprogramma lijkt  effectief in het voorkomen van infectie met en verspreiding van infecties met BRMO’s.

 

2.         Wat is de relatie tussen ‘natte’ koeltorens en Legionella-pneumonieën in Nederland?

Jeroen den Boer, Sjoerd Euser, Christel Gazenbeek

Afdeling Epidemiologie van het Streeklaboratorium Kennemerland te Haarlem

Email: christelgazenbeek@hotmail.com

Legionella is een gram-negatieve staaf die bij mensen met bepaalde risicofactoren een pneumonie kan veroorzaken. Het probleem is dat de besmettingsbron in Nederland vaak niet of nauwelijks wordt gevonden.

In Nederland staan veel ‘natte’ koeltoren die bepaalde systemen koelen. Het koelen gebeurt met water waarbij waterdamp vrijkomt. Als het water van de koeltoren de Legionella bacterie bevat, kan de bacterie in de omgeving terecht komen en zouden mensen, behorende tot een risicogroep een Legionella-pneumonie kunnen oplopen.

Omdat er geen officiële registratie is van de koeltorens is de mogelijkheid om te onderzoeken of ze een besmettingsbron vormen, lastig.

Om te onderzoeken of er een verband aanwezig is, is er een eerste inventarisatie gedaan van ‘natte’ koeltorens en niet gerelateerde Legionella besmettingen. In deze presentatie worden de eerste bevindingen gegeven en voorstellen voor vervolgonderzoek gedaan.

 

3.         Vergelijkend onderzoek met behulp van zes differentiatie methoden voor identificatie van coagulase-negatieve staphylococcen.

Jeandery Bergland, A.J.M. Loonen, A.R. Jansz, M. Valkenburg, P.F.G. Wolffs en A.J.C. van den Brule

Afdeling Medische Microbiologie van de PAMM te Eindhoven/Veldhoven

e.mail: j.bravenboer@pamm.nl

Coagulase-negative staphylococci (CNS) are a common cause of nosocomial infections and therefore pose a threat to patients with an immunodeficiency. Rapid and reliable determination of CNS is therefore clinically relevant.

In this study, we compared the conventional Kloos and Schleifer test, the biochemical ID 32 Staph (bioMérieux), automated biochemical identification system Vitek2 (bioMérieux), partial 16S ribosomal DNA sequencing (MicroSEQ, Applied Biosystems), partial Tuf DNA sequencing, and the proteomics approach matrix-assisted laser desorption/ionization-time of flight mass spectrometry (MALDI-TOF-MS) to find the best method for accurate identification of CNS strains available today.

One hundred and forty two clinically relevant CNS strains were included in this study. To determine the “true identity (ID)” of the included CNS strains, all methods were used; when 4 or more of the 6 performed methods provided the same CNS species name, it was defined as true ID.  The true ID name obtained in this manner was used to investigate accuracy of the tested methods.

16S rDNA sequencing, TUF sequencing and MALDI-TOF seemed to have a correct identification rate of 70.4%, 93% and 99.3% respectively.  For the Kloos & Schleifer test, ID 32 Staph and Vitek2 the correct identification was 80.2%, 85.9%, and 92.3%, respectively. Incorrect identification was given for 29.6%, 7%, 0.7%, 7.7%, 19.8% and 14.1% of the strains when 16S sequencing, tuf sequencing, MALDI-TOF MS, Vitek2, Kloos and Schleifer and ID 32 Staph were used, respectively.

MALDI-TOF-MS is the best method for rapid CNS identification. This technique is fast, cheap and suitable for high-throughput. MALDI-TOF MS combined with tuf sequencing resulted in 100% correct identification of the included strains. An alternative to this approach could be Vitek2 combined with tuf sequencing.

Keywords: Coagulase-negative Staphylococci, Identification, MALDI-TOF-MS

 

4.         KPC en VIM: de dreiging van super-bugs

ing. N.N. Berkeveld, dr. J.M. Ossewaarde, dr. J.F. de Jong (Hogeschool Rotterdam)

 

MaasstadLab, vakgroep medische microbiologie van het Maasstad Ziekenhuis te Rotterdam

e-mail: BerkeveldN@maasstadziekenhuis.nl

Achtergrond

Om verspreiding van super-bugs in te perken en voor een snelle geschikte behandeling is het belangrijk om multiresistente bacteriën snel te kunnen detecteren.

Onderzoek

Voor detectie van VIM en KPC producerende stammen zijn de modified Hodge test, de double disk synergy test en de imipenem EDTA diskmethode met elkaar vergeleken.

Hiervoor is gebruik gemaakt van vier KPC stammen, acht VIM stammen en tien stammen met verhoogde MIC waarden voor imipenem en/ of meropenem.

De confirmatietesten detecteerden beide carbapenemases maar gaven soms ook een positief resultaat bij stammen zonder een bekend carbapenemase gen. Deze vals positieve resultaten kunnen veroorzaakt worden door te hoge concentraties reagentia of door aanwezigheid van een ander carbapenemase gen. Zo bleek een aantal van de gebruikte stammen in het bezit te zijn van het OXA-48 gen.

Conclusie

De confirmatietesten zijn geschikt voor detectie van carbapenemase.

 

5.         Seriële propagatie in emulsie om de ‘yield/rate-trade off’ van microbiële groei te onderzoeken

 

Iraes Rabbers, Herwig Bachmann, Bas Teusink (co-authors, who are not supervisors: Martin Fischlechner, Filipe Santos, Douwe Molenaar)

Afdeling Systems Bioinformatics van de Vrije Universiteit te Amsterdam

e-mail: irab37@hotmail.com

abstract niet beschikbaar

 

 

 

6.         Evaluatie van topicale behandelingen in een in vitro Brandwondenmodel geïnfecteerd met P.aeruginosa.

 

Lieneke Pool, Bouke Boekema.

Vereniging Samenwerkende Brandwondencentra Nederland

e.mail: lienekepool@live.nl

Honing is door de geschiedenis heen gebruikt als topicale behandeling van geïnfecteerde wonden. Honing blijkt ook effectief te zijn als ontstekingsremmer, heeft het een geur-neutraliserende en débriderende werking en stimuleert het weefselgroei. In dit verslag zal het gebruik van een in vitro brandwondmodel beschreven worden voor het testen van topicale behandelingen met antibacteriële activiteit tegen Pseudomonas aeruginosa. L-Mesitran©, Flammazine (silver sulfadiazine), Vaseline en geen behandeling zijn vergeleken. Het antibacteriële effect van honing, L-Mesitran© en Flammazine is in vitro aangetoond, maar nog niet in een in vitro brandwondmodel gebaseerd op humane donorhuid. Op humane split skin werd een brandwond aangebracht met een soldeerbout, de huid werd aan de lucht blootgesteld gekweekt. Om de antibacteriële werking aan te tonen werden de brandwonden geïnfecteerd met 105 Kolonie vormende eenheden van PAO1. Na 45 minuten werden de topicale behandelingen aangebracht. Na 1,2 en 3 dagen werden de bacteriën geïsoleerd uit de huidjes in een PBS oplossing, van hieruit werd een verdunningsreeks gemaakt en uitgeplaat voor kwantitatieve analyse. Om het effect van dezelfde topicale behandelingen op de wondgenezing te meten, werden de behandelingen aangebracht op het brandwondenmodel en gedurende een periode van 3 weken gekweekt. Re-epithalisatie en proliferatie (BrdU incorperatie) werden gekwantificeerd.

Zowel L-Mesitran© en Flammazine waren even effectief in de eliminatie van PAO1 van de brandwonden. L-Mesitran© en Flammazine reduceerden beiden re-epithalisatie naar 34% en 62% tegenover de controle zonder behandeling. Proliferatie (BrdU incorporatie werd ook gereduceerd naar 10% en 2% respectievelijk.

De conclusie die we kunnen trekken is dat de beste resultaten worden verkregen met L-Mesitran©. Het was even effectief als Flammazine in de eliminatie van PAO1, maar was minder schadelijk bij wondgenezing.

 

7.         Identificatie van moleculaire mechanismen in ontkiemende Bacillus subtilis sporen onder milde stresscondities.

 

Niels Nouse, dr. Alex Ter Beek, prof. dr. Stanley Brul.

Department of Molecular Biology and Microbial Food Safety (MBMFS), Netherlands Institute for Systems Biology (NISB), Swammerdam Institute for Life Sciences (SILS), University of Amsterdam (UvA)

e-mail: nnouse@science.uva.nl

Bacillus subtilis is in staat om sporen te vormen die onder extreme omstandigheden kunnen overleven. Hierdoor kan deze bacterie veelgebruikte conserveringstechnieken in de voedingsmiddelenindustrie, zoals verhitting of verzuring doorstaan, om vervolgens na ontkieming voedselbederf te veroorzaken.

In ons onderzoek worden de invloeden van milde stresscondities op de moleculaire mechanismen die een rol spelen bij de ontkieming van Bacillus subtilis sporen bestudeerd. Na bepaling van de geschikte stresscondities wordt door middel van microarray-experimenten gezocht naar veranderingen in genexpressie om hiermee deze mechanismen te identificeren.

Het uiteindelijke doel is om nieuwe aanknopingspunten te vinden, waardoor met gebruik van mildere conserveringstechnieken de ontkieming en uitgroei van Bacillus subtilis sporen tegen kan worden gegaan om de kwaliteit van voedingsmiddelen te optimaliseren.

 8.         De antibacteriële werking van ‘medical-grade’ honing

 Paul Kwakman

Afdeling Medische Microbiologie van het Academisch Medisch Centrum, Amsterdam

e-mail: p.h.kwakman@amc.uva.nl

Door de toenemende percentages antibiotica-resistente bacteriën is er een grote behoefte voor nieuwe antimicrobiële strategieën. Honing is een antimicrobieel middel dat al duizenden jaren gebruikt wordt bij wondgenezing. Sterke variabiliteit van de antimicrobiële activiteit van honing, en de onvolledige kennis van hun werkingsmechanisme zijn echter een groot obstakel voor  de toepasbaarheid van honing in de moderne geneeskunde. Revamil^® is een medical-grade honing die onder gecontroleerde omstandigheden in kassen geproduceerd wordt. Deze honing blijkt een reproduceerbare en breed-spectrum antibacteriële activiteit te bezitten. Na 2 dagen applicatie van deze honing op de huid van de onderarm van gezonde vrijwilligers bleek de mate van microbiële kolonisatie 100-voudig afgenomen ten opzichte van een controle groep zonder honing. Het percentage kweekpositieven was afgenomen van 79% voor controle naar 19% voor honing-behandelde huid.

Om de rol van reeds bekende antibacteriële factoren voor de activiteit van “Revamil Source” (RS) honing, de niet-gamma gesteriliseerde bronhoning voor Revamil honing te bepalen, werden deze factoren geneutraliseerd in honing en werd het effect hiervan op de antibacteriële activiteit gekwantificeerd. Na neutralisatie van de antimicrobiele componenten H₂O₂ en methylglyoxaal (MGO) behield RS honing beduidend meer activiteit dan een honing-equivalente suikeroplossing. Het merendeel van deze resterende activiteit werd veroorzaakt door het antimicrobiele peptide bee defensin-1 en de lage pH van honing bleek verantwoordelijk te zijn voor de nog overgebleven activiteit. Dit is de eerste keer dat alle componenten betrokken bij de antibacteriele activiteit van een honing volledig gekarakteriseerd zijn.

 

9.         Verbeterde Staphylococcus aureus detectie van volbloed door middel van toevoeging van RNA als template in een tuf gen gebasseerde real-time PCR.

 

Maurice J.M. Habraken, Anne J.M. Loonen, and Adriaan J.C. van den Brule

Afdeling Medische Moleculaire Diagnostiek van de Fontys Hogescholen voor Toegepaste Natuurwetenschappen te Eindhoven

e.mail: maurice.habraken@student.fontys.nl

Blood stream infections can be caused by usage of medical devices and are characterized by a high morbidity and mortality. Fast and accurate identification of the pathogen causing disease is therefore important and can result in improved therapy. The time-consuming blood culture technique is still the gold standard to identify blood stream infections. Real-time PCR assays can improve time-to-result but are mostly developed for identification of DNA. This study aims to investigate the value of RNA  detection in addition to DNA from S.aureus spiked whole blood samples.

The detection limit of the assay was determined by spiking 1 ml whole blood samples with serial dilutions of log phase S.aureus bacteria. After lysozym/lysostaphine treatment of the samples, nucleic acids were isolated by using the specific B protocol on the EasyMAG. RNA was reverse transcribed to create cDNA and the samples were subsequently amplified by performing real-time PCR based on the tuf gene (singlecopy gene). As controls DNA only samples were used from the same dilution series.

Addition of RNA as template did improve the detection limit of the tuf PCR assay. It resulted in lower Cp values and a yield of profit of at least 1 log compared to the DNA only samples. The samples containing low bacterial loads (10 CFU/ml) always showed a real-time PCR signal when RNA was additionally detected.

In conclusion, the detection limit of the real-time PCR assay was improved by detection of RNA in addition to DNA. In addition to an improved detection (1 log) there is also an increased hitrate in samples containing lower bacterial loads. These experiments will be performed with other targets, the multicopy gene 16S rDNA, to possibly further improve detection from spiked whole blood samples. Besides the increased sensitivity of RNA detection, future experiments will address the potential value of RNA detection as marker for viable pathogens.

 

10.       Hoe paddestoelvormende schimmels het licht zien.

 

David Aerts, Robin Ohm, Han Wösten en Luis Lugones.

Afdeling Microbiologie van Universiteit Utrecht

e-mail: D.Aerts@students.uu.nl

The model organism of mushroom formation, Schizophyllum commune, only forms fruiting bodies in the light. In fact, mushrooms are formed in blue light but not in red light, suggesting that a blue light receptor is involved in mushroom formation. Indeed, fruiting body formation was abolished when the blue light receptor genes wc-1 and/or wc-2 were inactivated (Δwc-1, Δwc-2, Δwc-1Δwc-2 strains). Mushroom formation was rescued after a heat shock in a Δwc-2 strain containing a wc-2 coding sequence under regulation of a heat shock promoter. Although red light is not sufficient to induce fruiting body formation is does play a priming role. Wild-type grown in red light was more responsive to white light than wild-type grown in darkness. Apparently, the red light phytochrome receptor also plays a role in sexual development. These results may impact production of commercial mushrooms or mushrooms that cannot yet be cultivated commercially.

 

11.       RNA-thermometers in Neisseria meningitidis; the bgaB reporter system is not optimal in the screening for RNA-thermometers in vitro.

(Helaas geen foto beschikbaar)

Richard Pouw, Arie van der Ende and Yvonne Pannekoek

Department of Medical Microbiology, Academic Medical Center, Amsterdam, The Netherlands

e.mail: richard.pouw@student.uva.nl

RNA-thermometers are temperature sensitive secondary structures in the 5’-UTR of mRNA that regulate translation by masking ribosome binding sites at certain temperatures and refold when temperature shifts. We aimed to determine RNA-thermometers in Neisseria meningitidis. The N. meningitidis genome was screened for the presence of such RNA-thermometers by in silico prediction of their 5’-UTR secondary mRNA structure formation. Predicted RNA-thermometers were inserted in front of the β-galactosidase (bgaB) gene, regulating its translation as described previously. β-galactosidase activity was measured at room temperature and 42°C and 2 out of 13 selected 5’-UTRs showed RNA-thermometer functionality. However, further analysis suggested that a part of the coding region of bgaB interacts with the selected 5’-UTRs. This was confirmed by the insertion of silent point mutations within bgaB that affected secondary structure stability and RNA-thermometer functionality. In conclusion: the bgaB reporter system is not optimal for the screening and analysis of putative RNA-thermometers.

 

12.       Een op microfluidics gebaseerde studie van het replicatie-initiatie eiwit DnaA in Streptococcus pneumoniae

 

Elbrich Hendriks

Moleculair Genetics University of Groningen        

Supervisors: Jelle Slager and Jan-Willem Veening

Email: e.hendriks.2@student.rug.nl

The aim of this research is to create a DnaA-GFP fusion.  DnaA is essential to prokaryotes because it is involved replication initiation and also has a transcription factor function. Without DnaA it is impossible for a prokaryotic cell to divide in two or more cells. Insight into the mechanism of DnaA may provide valuable information for developing new antibiotics against S.pneumoniae.

In our research a specific microfluidic chip is used to indirectly visualize DNA replication by DnaA localization in real time. Only the mother cell will be trapped down in the crypt of the chip, a change in medium can be accomplished very quickly and chemical fixation is not needed. Therefore the combination of microfluidics and fluorescence microscopy will add interesting view to the field of single cell visualization.